Les plateaux et chaînons calcaires du Jura recèlent de nombreuses grottes et gouffres, qui font depuis longtemps l'objet d'investigations spéléologiques. La Franche-Comté est une des plus importantes régions spéléologiques françaises.

Les premières véritables explorations dans le Jura ne remontent guère au-delà du 19ème siècle : on connaît certes des inscriptions de parois qui témoigneraient de visites plus anciennes, mais leur authenticité est douteuse.

Toutefois, quelques écrits anciens se rapportent aux cavernes jurassiennes. Ainsi, dès 1552, Gilbert Cousin décrit la zone d'entrée de la source de l'Ain, au dessus de Champagnole. Plus précise est l'évocation de la grotte de Baume-les-Messieurs laissée par Jean d'Oncieux, grand prieur à la célèbre abbaye voisine entre 1576 et 1578.

Mais on ne s'éloigne guère de la surface, tout juste évoque-t-on les zones profondes, comme un monde inaccessible. En revanche, à la fin du 18ème siècle, le rationalisme et l'esprit scientifique se traduisent par de véritables explorations, décrites dans la littérature. Ainsi J.M. Lequinio fait, en 1801, le récit de sa visite mouvementée de la grotte du Guerrier, à Nevy-sur-Seille. Théodore Vernier parcourt environ 500 mètres dans la grotte de Baume-les-Messieurs, sans doute avant 1800.

Le début du 19ème siècle voit la multiplication d'écrits relatifs aux cavernes. On peut lire par exemple de véritables inventaires descriptifs de cavités - certes modestes - dans les Annuaires de la Préfecture du Jura de 1809 et 1813, puis dans les Annuaires du Jura de 1840, 1844, 1855 et 1856.

Plus intéressantes sont les explorations conduites dès 1854 par un certain David et une équipe de chercheurs d'or au Trou Tudigue, près de Saint-Claude. Perché à 30 mètres du sol, dans une paroi pourrie, ce porche ne peut être atteint que par des manoeuvres de cordes délicates depuis le sommet de la falaise, haute de 150 mètres. Multipliant les explorations, David et son équipe peuvent être considérés comme les premiers authentiques spéléologues du département. Si on connaît leurs motivations probables (la recherche de minerais), à travers quelques articles parus dans la presse de l'époque, on ignore malheureusement presque tout de leurs techniques d'exploration. Seules quelques traces retrouvées sous terre témoignent d'une réelle modernité : rondins en travers des sommets de puits, mât d'escalade en bois, désobstructions...

Plus tardifs, mais mieux connus, sont les travaux d'Edmond Renauld (1870-1897), considéré à juste titre par Martel comme le "véritable initiateur de l'exploration dans le Jura". Avec ses équipiers, on lui doit l'étude d'une trentaine de grottes, dont la plus importante fut, en 1893, celle de Baume-les-Messieurs, dont il lève sur 900 mètres environ une excellente topographie. Martel visite d'ailleurs cette cavité deux ans plus tard et y découvre quelques prolongements.

A partir de 1900, la spéléologie jurassienne est entièrement dominée par la personnalité d'Eugène Fournier (1871-1941). Ce géologue, doyen de la Faculté des Sciences de Besançon, est certainement un des plus grands spéléologues du début du siècle. Collaborateur occasionnel de Martel, c'est surtout en Franche-Comté qu'il déploya son activité. En compagnie d'une solide équipe, il entreprit un véritable inventaire spéléologique du massif jurassien. Les résultats en furent consignés d'abord dans les quelques 1700 pages de ses "campagnes" puis dans 5 ouvrages totalisant 1300 pages. Dans le département du Jura proprement dit, ses travaux ne portèrent toutefois que sur des cavités modestes : creux Parençot à Mesnay, Baume du Stou à Molain, Caborne du Boeuf à Saint-Hymetière, Borne Sonnante à Lavans, Gros-Gadeau à Geraise, etc.

Après la guerre de 1914-1918, les grottes jurassiennes sont un peu délaissées. Elles ne font l'objet d'aucune activité spéléologique structurée. Cette époque marque cependant l'amorce des explorations de type sportif, partiellement dégagées des objectifs scientifiques ou pratiques qui prévalaient jusqu'alors : la descente par Pierre Weité d'une verticale de 72 mètres à la baume du Moru, à Mignovillard, en est le symbole.

A la fin de la guerre de 1939-1945, on assiste partout en France à la création de clubs spéléologiques. La recherche du contact avec la nature et celle de l'effort collectif sont entrées dans les mentalités. Ce phénomène va provoquer un bouleversement dans la conception des explorations: ce n'est plus l'affaire d'un maître assisté d'une main-d'oeuvre toute à son service. On voit apparaître au contraire des équipes soudées, passionnées davantage de plaisir sportif et de convivialité que de préoccupations scientifiques.
De moins d'une dizaine avant guerre, l'effectif des spéléologues locaux va passer à une cinquantaine vers 1960, puis une centaine à partir des années 1970. Il est évident que la connaissance des cavités jurassiennes va progresser à grands pas. En 40 ans, les explorations seront considérablement plus nombreuses et plus importantes qu'au cours des deux siècles précédents.

Le Spéléo-Club Lédonien fut le premier véritable club du département. Il fut fondé en 1941 à Lons-le-Saunier, sous l'impulsion de M. Sahler, et la présidence de M. Bacherot. Ses activités furent d'abord très ralenties par la guerre, puis reprirent en 1946-1947, période pendant laquelle il explora des dizaines de cavités. Une section fut même créée à Saint-Claude. Malheureusement, une scission se produisit durant l'été 1948 : la plupart des membres actifs se séparèrent du président Bacherot pour former le Groupe Spéléologique Jurassien. En 1953, le Spéléo-Club Lédonien cesse d'exister, pour récemment renaître, en mai 1995.

De multiples associations vont naître. On trouvera par ailleurs la liste des clubs en activité à l'heure actuelle. D'autres ont en revanche disparu : Groupe Spéléologique Dolois (1948-1970), Groupe Spéléologique Jurassien (1948-1985), Spéléo-Club Salinois (1946-1977), Groupe Spéléo Risoux-Mont Noir (1960-1965), Spéléo-Club d'Arbois (1965-1969), Office Départemental des Activités de Jeunesse (ODAJ-1967-1976), Section du Clan des Tritons (Saint-Amour) (1968-1969), Spéléo-Club Niphargus (1970-1975), Spéléo-Club de Morez (1970-1976), Groupe de Recherches Spéléologiques d'Arinthod (1971-1976), Spéléo-Club de Perrigny (1983-1987), Société Lédonienne de Spéléologie (1984-1987), Groupe Comtois de Spéléologie (1985), Groupe Spéléo-Escalade de Bracon (1986).

Ce développement va bien sûr s'accentuer à partir des années 70, d'une part grâce à la généralisation des techniques dites "alpines" (utilisation de simples cordes), mais surtout au moyen de la plongée souterraine, très adaptée au karst jurassien. Le Jura va d'ailleurs devenir un département-phare dans cette discipline, sous l'égide de plongeurs locaux .

Tous ces clubs et associations ont contribué à étendre la spéléologie et le nombre de cavités explorées dans le Jura. Ils en ont fait un des départements français les plus complètement explorés, en particulier grâce à la plongée souterraine.

Conjointement, on assiste hélas à une multiplication des accidents et des sauvetages. Le premier événement véritablement spéléologique en la matière est la crue qui a bloqué quatre explorateurs à la Caborne de Menouille, à Cernon, le 9 mai 1959. Depuis cette date, on dénombre 41 accidents en 28 ans, ce qui place le Jura au 6ème rang des départements français les plus touchés (le premier étant le Doubs).