Située à proximité du vignoble de Château-Chalon, dans la reculée de Baume-les-Messieurs, cette grotte était visitée dès le 19ème siècle : le meunier du moulin voisin y emmenait les gens, avec des flambeaux, en dressant une échelle à l'entrée pour atteindre le porche situé à une dizaine de mètres de haut. La cavité n'était pas encore aménagée, et la visite se faisait sur 200 mètres environ.
Les premiers aménagements eurent lieu entre 1900 et 1901 : ce fut la construction d'un escalier d'entrée et de passerelles, par M.Voisin, grâce aux subventions du Club Alpin Français et la Société Spéléologique de France.
D'une longueur totale de 2 303 mètres et d'une dénivellation de 50 mètres, elle n'est exploitée que sur 500 mètres pour la visite guidée. Cet itinéraire se fait dans la galerie principale de la grotte, où la hauteur de voûte varie de 5 à 20 mètres. Avec la visite de vastes salles et d'importants effets lumineux, l'intérêt de la visite provient également de la rivière, le Dard, prenant sa source dans la cavité : en cas de crue, elle s'échappe en cascade par le porche d'entrée.
La grotte est ouverte au public du 1er avril au 1er octobre. La durée de la visite est de 40 minutes, et la température moyenne est de 12°C.
En 1994, la grotte de Baume-les-Messieurs a accueilli 51 047 visiteurs.
Des aménagements extérieurs offrent un sentier pédestre de 2,5 km, allant de l'Abbaye à la grotte en longeant le Dard et ses cascades, un chalet d'accueil avec souvenirs et buvette, un parking bus et voitures, et un espace pique-nique.

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• Photographies
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Au pied de la plus haute reculée du Jura, à proximité d'Arbois, cette grotte commença d'être aménagée en 1936 par M. Bonnivard, qui dégagea l'entrée comblée d'éboulis. D'une longueur totale de 4 600 mètres, elle n'est aménagée que sur 550 mètres environ. Il faut noter ici la présence d'une rivière (en période pluvieuse), de petites cascades et de lacs à l'intérieur même de la grotte : les formes d'érosion sont variées et nombreuses (marmites de géant, roche polie,...).
La grotte est ouverte au public du 1er avril au 11 novembre, et pendant les vacances scolaires le reste de l'année (sauf problème d'accès au site). La durée de la visite est d'environ 1 heure, la température moyenne est de 13°C.
En 1994, la grotte des Planches a accueilli 35 540 visiteurs.
Des aménagements extérieurs offrent un sentier géologique avec panneaux explicatifs (formation de la reculée, fossiles, faune), un bar avec petite restauration et vente de souvenirs.

• Signalétique

Explorée par des spéléologues jurassiens en 1966 et 1967, cette cavité prit le nom de "gouffre de Beaumain". Située dans la forêt des Moidons, sur la commune de Molain, la cavité fut aménagée en 1989, avec l'aide de l'état, de la région et du département. Elle fut rebaptisée "grotte des Moidons", en raison de la confusion possible avec la grotte de Baume-les-Messieurs.
Deux grottes aménagées existaient déjà dans le département. Aussi, afin d'étudier la rentabilité possible de l'exploitation du site, de longues concertations eurent lieu avec les services de la Préfecture. La commission d'examen fit appel au Comité Départemental de Spéléologie, qui s'opposa à l'aménagement pour des fins commerciales. En effet, le site était très utilisé pour l'initiation à la spéléologie, et il viendrait concurrencer les deux grottes déjà aménagées, en particulier la grotte des Planches, située à environ 15 km de là.
L'accord fut toutefois donné, et l'aménagement de la grotte provoqua la destruction d'une vaste parcelle de forêt, le dynamitage du puits d'entrée, etc.
Aujourd'hui, sur les 350 mètres connus dans la cavité, seuls 100 mètres de galeries sont aménagées. Contrairement aux deux grottes précédentes, on n'y trouve pas de rivière. Par contre, de splendides concrétions s'offrent aux yeux des visiteurs, et un son et lumière est présenté dans la grande salle.
La grotte est ouverte au public d'avril à fin septembre.
En 1994, la grotte des Moidons a accueilli 26 604 visiteurs.
Des aménagements extérieurs offrent un sentier pédagogique avec panneaux explicatifs : thème des arbres, géologie (présence de dolines et de lapiaz), reconstitution d'un tumulus (tombe celte), ainsi que la vente de souvenirs, un bar avec petite restauration et une aire de jeux et de pique-nique.

• Signalétique
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La grotte de la Pontoise, à Villard-sur-Bienne, est un cas particulier. Il ne s'agit pas d'une cavité aménagée à des fins commerciales, mais d'un site sécurisé de randonnée sportive. C'est un exemple de collaboration concrète entre les spéléologues et le tourisme jurassien.
Fin 1990, le Parc Naturel du Haut-Jura a demandé aux bénévoles du Comité Départemental de Spéléologie du Jura d'y réaliser un aménagement sommaire permettant aux randonneurs un accès et une visite sans danger. Une échelle fixe avec barrière de sécurité fut scellée dans le puits d'entrée de 6 m, et un balisage luminescent mis en place sur le trajet à suivre dans la vaste galerie souterraine longue de 120 m, large de 10 à 20 m et haute de 8 à 20 m. En surface, un fléchage d'accès et un panneau explicatif ont été réalisés.
Le Comité Départemental de Spéléologie y a organisé une opération "grotte ouverte", le 26 mai 1991, qui a permis à 200 personnes d'inaugurer les aménagements (une opération similaire a eu lieu le 28 mai 2000, avec 70 personnes).
La visite de la grotte est libre, il suffit d'être bon marcheur, équipé de vêtements peu fragiles et de disposer d'un bon éclairage.