La nature géologique de la Franche-Comté (séries calcaires peu épaisses et peu homogènes, couverture alluviale, climat humide) détermine les caractères généraux du karst profond.

Les gouffres

Ils sont moins nombreux que les grottes (40 % seulement des cavités), car ils sont souvent masqués ou obstrués par la couverture alluviale. D'autre part, leur profondeur est souvent médiocre : une vingtaine de gouffres franc-comtois seulement dépassent 150 m. Dans la plupart d'entre eux, la descente est arrêtée au bout de quelques dizaines de mètres par des bouchons alluviaux ou des rétrécissements liés aux changements de faciès calcaire.
Les grandes profondeurs ne sont atteintes que dans les zones tectonisées (faisceaux plissés et haute chaîne). C'est le cas des trois cavités dépassant 300 m de dénivellation: Verneau, Montaigu et Foules.
Dans la zone des plateaux, les gouffres importants se caractérisent davantage par leur développement subhorizontal que par leur aspect vertical, par exemple à Pourpevelle (10 123 m de développement pour -106 m) ou au Leubot (3 775 m de développement pour -215 m).

Les grottes

Ce sont les plus nombreuses (3 500 répertoriées, soit 60 % des cavités). Beaucoup d'entre elles ne sont que de simples cavités de versant, longues de quelques dizaines de mètres
D'autres en revanche offrent un développement considérable : plus de 80 grottes supérieures à un kilomètre, dont une dizaine dépassant 5 km. Deux réseaux sont particulièrement étendus : la Borne aux Cassots qui dépasse 15 km, et le système du Verneau qui, avec 31 km, est un des dix plus longs de France.
La majorité d'entre elles comporte une circulation active : le karst jurassien est jeune - quaternaire ancien et stades interglaciaires - et les niveaux fossiles sont encore rares. De belles rivières souterraines ont ainsi pu être explorées, parfois sur plus de 5 km de distance: Verneau, Borne aux Cassots, Chauveroche, Crotot, Menouille, etc.

En revanche, les principales émergences se font en régime noyé, et leur pénétration ne peut se faire qu'en scaphandre : Loue, Lison, Doubs, Ain, Dessoubre, etc.